Nu ställs 37-årige Federer under söndagens final mot Dominic Thiem från Österrike i stället, som slog kanadensaren Milos Raonic i lördagens andra semifinal.
För att ge de tusentals i publiken lite kompensation för det uteblivna toppmötet, som skulle varit stjärnornas 39:e match mot varandra, ordnade arrangörerna en kändismatch i dubbel i stället.
Man fick se John McEnroe och Tommy Haas ta sig an Novak Djokovic och Pete Sampras i stället. En match som McEnroe och Haas vann.
Roger Federer storfavorit
Lite plåstren på såren för tennisfansen på plats blev det, då legendarerna showade på centercourten.
Nadal valde, enligt Federer, att inte riskera resten av säsongen, då han haft problem med sitt knä sedan tidigare och fick ännu ondare under kvartsfinalen i fredags.
– Jag förstår honom, vi är bara i början av året och snart är det dags för grussäsongen. Hade det handlat om hans sista turnering i karriären hade Rafa kanske spelat, men jag hoppas att han snart är tillbaka i de stora turneringarna igen så att vi får mötas flera gånger, sa Federer.
Nu är Roger Federer storfavorit till sin sjätte titel i Indian Wells. Turneringen är en av de största vid sidan av de stora Grand Slam-tävlingarna på touren.