Ottawa bjöd på en sprakande start och skaffade sig en 2-0-ledning redan efter drygt tre minuters spel.
Derick Brassard sköt 1-0 efter 1.21 och Jean-Gabriel Pageau ökade på till 2-0.
Men innan perioden var över hade Patrice Bergeron reducerat för Boston.
Efter en mållös mittenperiod spelade Erik Karlsson fram Mike Hoffman till 3-1 i powerplay med en crosspassning över anfallszonen efter 7.50 av sista perioden.
Brad Marchand gav Bruins nytt hopp i mitten av perioden, också det målet kom i powerplay.
Alex Burrows kunde fastställda slutresultatet i tom kasse med 50 sekunder kvar sedan Erik täckt ett skott i egen zon och sedan skickat pucken vidare till Mark Stone, som skarvade den till Burrows i mittzonen.
- Det här var som en slutspelsmatch. Det var också vår inställning och motivation inför alla uppoffringar, som täckta skott och viljan att stångas framför motståndarkassen, sa Pageau till nhl.com efteråt,
Karlsson matchens andra stjärna
Ottawa skapade sig ett avstånd på fyra poäng till Boston med vinsten. Karlsson och kompani har dessutom två färre matcher spelade.
Karlsson utnämndes till matchens andra stjärna bakom backkollegan Dion Phaneuf.
Med nattens två målgivande passningar är Erik uppe i 58 poäng, 11 mål och 47 assist, efter 64 omgångar den här säsongen.
Han har producerat 6 poäng, 1 mål och 5 assist, på de senaste fem matcherna och ligger tvåa i backligan.
I topp ligger Brent Burns, San Jose, på 67 poäng.
Se fler höjdpunkter på Viasatsport.se och matcherna live eller 48 timmar i efterhand på Viaplay.se