Elias Pettersson skickade in segermålet med bara 35 sekunder kvar av den fem minuter långa förlängningen efter en två-mot-en-situation med Andrej Kuzmenko mot en ensam Erik Karlsson.
EP40 pricksköt från toppen av den vänstra tekningscirkeln och det skottet hann inte Sharksmålvakten Eetu Makiniemi med på.
Elias avgjorde också i förlängningen när Vancouver i måndags besegrade Montreal Canadiens med 7-6.
Då kom segermålet redan efter 13 sekunder av förlängningen.
Han hade också en assist i nattens match, där Vancouver tappade en 3-1-ledning i början av den andra perioden.
Pettersson har gjort 34 poäng på 27 matcher
San Jose kom tillbaka och ledde med 5-4 med bara drygt tre minuter kvar när Radim Simek drog på sig en utvisning för interference.
Canucks utnyttjade det powerplay man fick och kvitterade genom Kuzmenko på en framspelning från Elias Pettersson.
Nils Höglander var också en av Vancouvers målskyttar och Oliver Ekman-Larsson antecknades för två målgivande passningar.
Med nattens två poäng är Pettersson uppe i 34 poäng, 13 mål och 21 assist, på 27 spelade matcher.
Han är en poäng efter Erik Karlsson, som hade en assist i nattens match, i den svenska poängligan i NHL.
