Chelseamittfältaren prisades som matchens bästa spelare efter mötet med England.
Under måndagen bekräftades Gilmour smittad av corona och ska nu isoleras i tio dagar, meddelar det skotska landslaget.
Ett tungt bakslag för Skottland.
Den unge talangen har fått snålt med speltid i klubblaget under säsongen, men imponerade direkt på den stora scenen i den skotska landslagströjan.
Skottland förlorade den första gruppspelsmatchen mot Tjeckien med 0-2. Efter en viktig poäng mot England väntar nu Kroatien i en sista avgörande gruppspelsmatch. Skottland ligger inför mötet sist i gruppen.
Kroatien-Skottland spelas på tisdag klockan 21.00.
LÄS MER: Så avgörs Sveriges öde – här är alla förutsättningar
GUIDE: Allt du behöver veta om fotbolls-EM 2021
LÄS MER: Senaste nyheterna från fotbolls-EM