Lagkaptenen Sergio Busquets testades positivt efter landskampen mot Portugal i förra veckan och hela laget har varit isolerat sedan dess.
Llorente har efter det positiva testet fått lämna landslagssamlingen, precis som Busquets.
Så sent som under tisdagen blev det klart att det spanska landslaget kommer att vaccineras, något som sker under onsdagen, enligt Spaniens idrottsminister José Manuel Rodríguez Uribes.
Spanien startar EM med matchen mot Sverige på måndag. Sex reserver har kallats in av förbundskapten Luis Enrique i händelse av att nya sjukdomsfall dyker upp. De spelarna har placerats i en parallell bubbla i Madrid, där de tränar.