Ferland Mendy var nära att rycka sig loss framför offensivt straffområde men då kom Remo Freulers ben i vägen.
Händelsen inträffade i matchens 17:e minut och den fick domaren Tobias Stieler att hala fram sitt röda kort.
– Gasperini tror inte sina ögon, säger kommentatorn Robert Tennisberg i Viaplay.
Real Madrid vann efter röda kortet
Experten Bojan Djordjic säger att han förstår Atalanta-tränaren Gian Piero Gasperinis reaktion.
– Den är hård. Även om han var sen kom det täckning bakom honom. Det där kan väl inte resultera i rött?
Trots det röda kortet lyckades inte Real Madrid spräcka målnollan förrän i den 86:e minuten och då var det återigen Ferland Mendy som var inblandad.
Fransmannen fick på en drömträff utanför straffområdet och prickade in matchens enda mål.