Enligt DN var det en privatperson som tog en bild på den svartklädde mannen som vadade i vattnet, bärande på en ryggsäck.
Bilderna laddades upp på internet men togs snabbt bort.
Enligt en källa till DN fick Försvarsmakten information om iakttagelsen, vilket utlöste febril aktivitet hos både Säpo och Must som förhörde fotografen natten mot söndagen.
Därefter har området sökts igenom.
Enligt DN har det på samma plats tidigare rapporterats en incident där en båt från Amfibieregementet krockade med ett föremål i vattnet natten mot den andra oktober.
– Utredningen pågår fortfarande, men vi kan bekräfta att det som de körde på var en lysboj, säger Johannes Hellqvist, informatör vid Försvarsmakten, till TT.
Sent i natt träffade Expressen en grupp civilklädda poliser som klev av en polisbåt i Stavsnäs, i närheten av sökandeplatsen.
De var mycket förtegna och ville inte kommentera vad de gjorde där.
Dock bekräftade en polisman tidigare under kvällen att polisens närvaro hade med den militära insatsen att göra.
Säkerhetspolisens kommunikationschef Mark Vadasz säger till Expressen.se att Säpo inte bedriver jakt på eventuell undervattensverksamhet.
Han kommenterar inte den bild som nu kommit ut i detalj av "operativa skäl".
– Vårt uppdrag är bland annat att motverka olovlig underrättelseverksamhet, spionage. Det ska vi upptäcka, motverka och störa ut. Vi har sedan en lång tid ett välutvecklat samarbete med Försvarsmakten, säger Vadasz.
Försvaret har inte velat kommentera bilden.
