Experter varnar nu att det finns en risk att ubåten på 1 395 ton aldrig kommer hittas i det djupa vattnet, rapporterar brittiska The Sun.
Ubåten tros ha försvunnit cirka 26,5 sjömil nordväst om Singaraja på ön Bali. Efter en flygsökning i gårkväll lokal tid hittades ett oljeutsläpp nära ubåtens dykplats.
En talesman från flottan berättade att den tysktillverkade ubåten, KRI Nanggala-402, försvann under en övning norr om Bali. Onsdag klockan 04.30 förlorades kontakten med fartyget.
– Vi letar fortfarande i vattnet kring Bali, med en radie på 96 kilometer, sa flygchefen Hadi Tjahjanto till Reuters.
Ubåten är sannolikt redan nere på 600-700 meter, sa en talesperson från flottan till lokala medier.
Tidigare befälhavare, Ryan Ramsey, flaggar nu för att vattnet är för djupt för att besättningen ska kunna återfinnas.
– Det faktum att hon är okontaktbar tyder på att hon har försvunnit, säger ex-marinofficeren till The Sun och fortsätter:
– Antingen har de inte kunnat gå upp, eller så har det plötsligt hänt något väldigt dramatiskt.
”Enda sättet att överleva”
KRI Nanggala är tillverkad 1978 och har ingen lucka som ett räddningsfartyg kan låsa fast vid.
Det enda sättet att överleva är att ta på sig ”flyktdräkter” och ta sig ut via ubåtens konningstorn. Dräkterna gör att man kan överleva i upp till ett dygn på ytan – inte flera hundra meter djupare.
Bali är en vulkanisk ö omgiven av mycket djupt vatten, närmare 1 590 meter. Chansen att överleva är därför liten, förklarar Ryan Ramsey.
Flera krigsfartyg söker i området och landets myndigheter har bett Australien och Singapore om hjälp i sökandet