Kustbevakningen, flottan, lokala fiskare och andra kommersiella fartyg har deltagit i räddningsinsatsen och plockat upp människor i havet som hoppat från det brinnande fartyget. Minst 23 skadade personer har förts till sjukhus.
Myndigheterna uppger att ett stort antal personer hade räddats under natten, men att det också finns risk för att myndigheterna räknat fel.
Färjan var på väg till staden Jolo i Sulu-provinsen från hamnstaden Zamboanga när den fattade eld strax innan midnatt i öprovinsen Basilan.
