En sydkoreansk 47-årig tjänsteman försvann från en båt nära Nordkoreas sydvästra gräns i måndags.
Han arbetade på landets havs- och fiskedepartement.
Tidigare uppgifter har gjort gällande att mannen velat ta sig in till Nordkorea för att ansluta sig dit. Han hade lämnat kvar sina skor på båten och hade tagit på sig en flytväst, rapporterar BBC.
Då dödades han.
Sydkoreanska myndigheter har kraftigt fördömt Nordkoreas agerande och krävt en förklaring. Nu har Nordkorea bett om ursäkt till Sydkorea, rapporterar den sydkoreanska nyhetsbyrån Yonhap.
Nordkoreas ledare Kim Jong-un ska ha skickat ett formellt meddelande om att han är ”väldigt ledsen” för att ha gjort president Moon Jae-in och det sydkoreanska folket ”besvikna”.
Sköts med 10 skott
Nordkorea gav också sin version av vad som hände. Enligt Nordkorea sköts fler än 10 skott mot mannen efter att han tagit sig in på nordkoreanskt vatten, vilket uppges vara i enlighet med reglerna.
Sedan brände man upp ”flytande material” omkring mannen, men inte hans kropp, enligt Nordkorea.
Tidigare uppgifter från Sydkorea gör gällande att mannen blivit skjuten efter att ha blivit förhörd av nordkoreanska styrkor i flera timmar.
– Nordkoreanska soldater hällde olja över hans kropp och brände den i vattnet, säger en militärkälla till nyhetsbyrån AFP.
Det tros ha varit som en försiktighetsåtgärd för coronaviruset.
