Beslutet om inställda avgångar omfattar både fjärrtåg, regionaltåg, pendeltåg och godståg, enligt Trafikverket.
Det gäller avgångar och ankomster från och med i morgon, lördag den 29 januari klockan 14, till och med söndag 30 januari klockan 04.
Framför allt är det avgångar i och från Stockholm som påverkas ”men kan även påverka avgångar från andra destinationer som passerar eller ska till Stockholm”, skriver Trafikverket i ett pressmeddelande.
Orsaken är hög sjukfrånvaro.
– Vi har aldrig tidigare behövt ställa in så här många avgångar på grund av sjukdomsfall inom personalgruppen, säger Trafikverkets presschef Bengt Olsson.
Moderaterna menar dock att ansvaret för de inställda avgångarna vilar hos regeringen och kräver att de kallar till krismöte.
– Det här är ett historiskt infrastrukturmisslyckande, i tider av kris, med drakoniska konsekvenser för resenärerna. Ansvaret för att hälften av tågtrafiken nu ställs in är ensidigt statens. Ytterst pekar ansvaret på ansvarig minister Tomas Eneroth (S), säger Kristoffer Tamsons i ett pressmeddelande.
Enligt Trafikverket går det inte att bedriva tågtrafiken med full kapacitet med så pass hög sjukfrånvaro, och man vill undvika att tåg blir stående.
– Eneroth måste nu kalla till krismöte för att reda ut hur statens egen myndighet tillåtits misslyckas med sitt uppdrag och hur ministerns egen myndighets krisberedskap kunnat kollapsa fullständigt trots att den utgör samhällskritisk verksamhet. Självklart förväntar vi oss också kompensation från regeringen för den ekonomiska skada detta innebär, säger Kristoffer Tamsons i pressmeddelandet.
Trafikverket hänvisar resenärer till respektive tågbolag för att få information om hur de påverkas.
Tomas Eneroth säger i ett skriftligt uttalande till Expressen att smittspridningen just nu frestar på stora delar av samhället.
”Jag är övertygad om att Trafikverket gör allt man kan för att tågen ska gå, men har samtidigt förståelse för att det just nu är ett extraordinärt läge med hög smittspridning som påverkar alla delar av samhället”, säger infrastrukturministern.