Det drog i gång efter sommaren.
Sedan skolans lokaler öppnade för höstterminen har 712 studenter på SUNY Oneonta bekräftats smittade med coronaviruset.
På torsdagen meddelade New York-universitetet att rektor Barbara Jean Morris slutat, och att hon ville söka ”andra möjligheter”, rapporterar CNN.
Universitetet testade inte studenter när de kom tillbaka till skolan den 17 augusti, och i slutet av månaden bekräftades fler och fler fall.
Delstaten skickade in särskilt virusteam
Man försökte med olika typer av social distansering innan man gick över till digital undervisning.
Virustoppen nåddes ändå i någonstans i början av september.
Det ledde till att myndigheter fick skicka in ett särskilt virusteam till campus, för att stoppa smittan från att ta sig in i resten av staden.
På sociala medier spreds bilder på hur personal i heltäckande vita skyddsdräkter tog ut studenter från sina rum på skolan mitt i natten. Det cirkulerade också bilder på festande studenter som var i satta i karantän på skolan, skriver New York Times.
Skolan fick mycket kritik för att lyckas begränsa smittan tidigare.
– Jag tror att vi alla känner att det behövdes en förändring. Det var dags för en nystart, säger Oneontas borgmästare Gary Herzig till New York Times.
SUNY Oneonta är universitetet med högst antal bekräftade fall i delstaten New York, och ligger i den norra delen. 6 733 elever finns totalt på campus.