Niklas Elert
Mursi hade antagligen planerat tilltaget ända sedan han tillträdde i slutet av juni. Men förra veckans militära misslyckande i Sinai, då sexton egyptiska soldater dödades av militanta islamister, var den öppning han behövde.
Med detta sagt tog han omvärlden på sängen. Och reaktionerna har varit oroade. Trots att ett av huvudkraven bakom den egyptiska revolutionen var just att beskära militärens politiska makt.
I de flesta andra sammanhang skulle det ses som ett viktigt och nödvändigt steg på vägen mot demokrati. Att entusiasmen inte är så stor beror förstås på att detta steg togs av en islamist.
För även om alla presidenter under de senaste sextio åren av förtryck kommit från dess ranker, så har den egyptiska militären sedan revolutionen lyckats lansera sig som en nödvändig sekulär motvikt till Mursi och hans Muslimska brödraskap.
Det är därför förståeligt att liberaler och andra politiska fraktioner oroar sig för att brödraskapets makt nu ska växa sig för stor. Att Mursi redan börjat inskränka mediernas frihet bidrar till den känslan.
Fast den så kallade 6:e aprilrörelsen, som var tongivande i revolutionen, har beskrivit Mursis drag som ett första steg mot att etablera en civil stat. Man efterlyser en armé som skyddar landet, inte lägger sig i politiken.
Dit är trots allt vägen lång.
I kampen om vem som kontrollerar Egyptens resurser är militären mer än bara en spelare i mängden, den ger begreppet militärindustriellt komplex en helt ny mening.
Militären har liknats vid ett affärskonglomerat, och äger företag som säljer allt från olivolja och brandsläckare till laptoppar och tv-apparater.
Ingen vet hur stor del av den egyptiska ekonomin som militären kontrollerar - uppskattningarna brukar ligga på mellan fem och fyrtio procent.
Inte minst har dess omfattande kontroll av mark varit en kassako av Guds nåde när den konverterats till lyxorter och turistoaser.
Lägg därtill att militären inte betalar skatt och hittills varit befriad från det byråkratiska krångel som kväver landets privata sektor, och det blir än tydligare hur höga insatserna är.
Det är med andra ord troligt att resterna av det sekulära militära ledarskiktet kommer att bjuda till strid mot Mursi - inte för att de brinner för ett sekulärt, demokratiskt Egypten, utan för att de vill försvara sina privilegier.
På så vis lär maktkampen fortgå - och något mått av balans finnas kvar. Men för tillfället är det fördel Mursi. Oron för vart presidenten ska föra Egypten är av förklarliga skäl stor.
Men det är värt att betona hur han gjorde sig av med sina fiender i det högsta rådet. Han gjorde det inte med någon blodig strid, utan genom att betona vikten av politisk kontroll hos en vald president. Det borde åtminstone vara lite hoppingivande.
Presidentens och hans motståndares agerande under de kommande veckorna kommer att vara centrala för den fortsatta utvecklingen i Egypten. Maktkampen är oundviklig, men frågan är med vilka medel den kommer att föras.