Hundarna, som var av olika ras, hittades i en bil.
– Det är ett mycket trist ärende. Jag såg en bild på de här hundarna och det var hemskt, säger Lars Rosenqvist vid tullen till Ystads Allehanda.
Det fanns flera hundburar i bilen, både i baksätet och i bagageutrymmet, rapporterar SVT Nyheter Skåne.
De två personer som fanns i bilen greps, men en av dem släpptes senare .Den andre, en man, är anhållen som misstänkt för grovt smugglingsbrott.
Beslutet att avliva hundarna fattades av jordbruksverket.