Det var i förra veckan som den anställde ska ha gjort hitlerhälsningen och dessutom skrikit ut rasistiska slagord inför sina kollegor, enligt uppgift till Smålandsposten som först skrev om händelsen.
Enhetschefen vill inte gå in i detalj på vad som har hänt, men bekräftar att den anställde att uppträtt illa.
– Det här är första gången jag har hört talas om något sådant här och vi ser mycket allvarligt på det om det är sant, säger Jan Ekdahl till Sveriges Radio.
Finns en samstämmighet
Efter ett enskilt samtal med medarbetaren har Migrationsverket i Växjö kopplat in myndighetens tillsynsenhet för att utreda ärendet.
En kraftfull åtgärd, enligt Jan Ekdahl.
– Därför kontaktar jag tillsynsenheten, som är vår utredningsenhet. Jag har även pratat med övriga medarbetare som kan ha sett och hört detta. Det finns en samstämmighet i det som de berättar för mig och det är därför som jag valde att vända mig till tillsynsenheten, säger Jan Ekdahl till Smålandsposten.
"Upprörda och förvånade"
Enligt Sveriges Radio arbetar den anställde kvar på myndigheten, men inte på kontoret.
– Naturligtvis blir kollegorna upprörda och förvånade, säger Jan Ekdahl till radion.
Exakt vad som sades på Migrationsverket vill inte enhetschefen gå in på.