27-årige Duenas körde för det brittiska Barloworld-stallet och låg på 19:e plats i sammandraget.
Det positiva testet togs efter den fjärde etappen förra tisdagen.
- Vi informerade Moises Duenas på onsdagen att han testat positivt för epo, säger anti-dopningsbyråns president Pierre Bordry.

Stormade hotellet

Strax före uttalandet genomförde fransk polis en razzia på Barloworld-stallets hotell.
Omkring 50 poliser stormade in på hotellet.
- Det här är otroligt. Jag förstår det inte. Och jag fick inte ens tid att tala med honom, säger Duenas stall-manager Claudio Corti.
Duenas är den andre spanske cyklisten som testat positivt för dopning under årets Tour de France. Landsmannen Manuel Beltran arresterades av polis i förra veckan, även han efter epo-dopning.
- Det är intressant att det är den andre spanska cyklisten som åker fast. Spanien verkar tröga på att förstå budskapet, säger förbundsordförande McQuaid och syftar på kampen mot dopning inom cykelsporten.
Duenas, som förra säsongen körde för Agritubel-stallet och slutade på 39:e plats i Tour de France, är nu utesluten ur tävlingen med omedelbar verkan.