Massas andraplats kom ett år efter den livshotande olyckan på banan under en Grand Prix-tävling i Ungern.
Massa ledde under 49 av 67 varv men lät Alonso gå om efter misstänkta stallorder som är förbjudna.
Massa var mindre nöjd efteråt – och svarade besvärat på frågan om han släppte förbi Alonso med flit.
– Jag kände att jag förtjänade segern. Jag körde riktigt bra och bilen var bra, men han körde förbi mig och vi jobbar för laget, säger Massa enligt TT.
Ferrari bestraffades med 100 000 amerikanska dollar – och det kan bli mer.
Nu ska händelsen utredas av det internationella motorförbundet, FIA.
Segern blev Alonsos andra för säsongen.
Sebastian Vettel från Tyskland kom trea med Red Bull.
Championship-ledaren Lewis Hamilton från Storbritannien och McLaren kom fyra.

Gav Alonso segern

Hamilton leder totalen på sina 157 poäng, tvåa är stallkamraten Jenson Button med 143.
I starten försökte Vettel blockera Alonso. Massa använde då luckan och även Alonso lyckades ta sig förbi och två Ferraris höll sig i fronten under hela loppet.
Men under varv 49 så gick Massa åt sidan och gav Alonso en enkel väg fram till ledningen.
Det var i slutet av juli som Felipe Massa otäcka krasch skadade publik och medtävlande i kvalet på Hungaroring.
Formel 1-stjärnan slogs medvetslös - efter att ha träffats av en del av en medtävlares bil – och kraschade våldsamt in i skyddsbarriären. Han fick vårdas på sjukhus i Budapest under nio dagar.