Personal från svenska ambassaden söker efter svenskarna som fanns ombord på fartygen.
Enligt UD är det fortfarande oklart vad som hänt dem.
- Kontrollerna fortsätter, så vi kan inte säga något slutgiltigt, säger Barbro Elm vid UD:s presstjänst.
Utrikesdepartementet fick på eftermiddagen bekräftat att bordningen skedde på internationellt vatten.
- Det skedde utanför Israels territorialhav, säger Anders Jörle, presschef på svenska UD.
De första fartyget anlände till den israeliska hamnstaden Ashod vid lunchtid, svensk tid. Israel har förklarat hamnen som en militär zon och området är därför avspärrat. Enligt UD har den svenska ambassaden folk på plats i hamnen.
- De följer utvecklingen men för tillfället har vi ingen ny information, säger Barbro Elm vid UD:s presstjänst.
UD säger att det är för tidigt att avgöra om Israels avspärrningar vid hamnen förhindrar ambassadpersonalen från att göra sitt jobb.
- Det är fel att säga att vi hindras i vårt arbete eftersom vi inte vet om några svenskar anlänt ännu. Men det stämmer att vi inte kommer innanför avspärrningarna. Vi har dock som ett absolut krav att få träffa svenskarna när de kommer, säger Anders Jörle.
Åtta av de tiotalet svenskar som fanns i konvojen befann sig på det grekiska fartyget Eleftheri Mesogeio, uppger en grekisk gren av Ship to Gaza, enligt AFP.
Dramatisk eldstrid
Religionshistorikern Mattias Gardell och hustrun, idéhistorikern Edda Manga, ska tillsammans ha befunnit sig på det turkiska fartyget Mavi Marmara. Det fartyg i konvojen där eldstrid bröt ut.
Enligt Israels militärchef Gabi Ashkenazi blev bordandet av det fartyget mycket dramatiskt.
- Det förekom extremt våld från det ögonblick våra styrkor nådde skeppet, det var planerat och inbegrep vapen, metallstänger, knivar och i något skede skjutvapen, kanske i något fall vapen som togs från soldaterna, säger han enligt AFP.
Vad som hänt med de båda svenskarna ombord på Mavi Marmara - eller de övriga svenskarna - har UD ännu inte lyckats ta reda på. De uppger dock att det inte finns några indikationer på att någon svensk ska vara skadad eller död. Bland annat har man ringt runt och hört sig för på sjukhusen.
- Det pågår kontroller och undersökningar men hittills har det inte lett till några uppgifter på att några svenskar skulle vara drabbade. Men kontrollerna fortsätter så vi kan inte säga något slutgiltigt, säger Elm.
När tror ni att ni vet mer?
- Det är väldigt svårt att säga. Det är en händelseutveckling som vi följer nära men jag kan inte säga när allt är bekräftat och utrett.
Även Mikael Löfgren, talesman för Ship to Gaza i Sverige, uppger att ingen av svenskarna ska ha skadats.
- Det senaste vi fått veta är att inga svenskar finns bland de skadade som förts till sjukhus, säger han.