- De militära lagarna gäller i sex månader från det en officer slutar sin tjänst.
Fonseka greps bara timmar efter det att han sagt att han till vilken internationell undersökningskommission som helst kan lämna bevis på att militären begick krigsbrott mot tamilrebellerna i slutet av förra årets strider.
Regeringen har motsatt sig internationella krav på en undersökning av anklagelserna om att högt uppsatta officerare givit order om kallblodiga avrättningar av rebelledare som kapitulerat.
Hårt ansatta
Mer än 100 militärpoliser stormade in i oppositionsalliansens lokaler på måndagskvällen.
- De förde bort general Fonseka med våld mitt under en diskussion han hade med tre andra oppositionsledare, sade en talesman för Folkets befrielsefront.
Fonseka förlorade valet den 26 januari mot sittande presidenten Mahinda Rajapaksa. Den fyrstjärnige generalen har vägrat erkänna sig besegrad, och både han och hans anhängare har varit hårt ansatta sedan valet.
Även valobservatörer och människorättsgrupper har ifrågasatt valresultatet.