Demonstranterna krävde att Sverige stänger ambassaden och avvisar den av Muammar Gaddafi-regimen utsedde nye ambassadören.
Polisen gick efter samråd med utrikesdepartementet in i lokalerna och kunde kort efter gripa en av männen.
- Två av dem överlämnade sig strax efter klockan 01 efter att ha satt upp sin flagga, sade Sven-Erik Olsson vid Stockholmspolisen.
Samtliga tre släpptes senare under natten efter förhör men brottsmisstankarna kvarstår.

Skadegörelse

Vid 04.30-tiden grep polisen ytterligare tre personer misstänkta för olaga intrång.
- De har varit inne på ambassadområdet. Men det har inte förekommit några våldsamheter, säger Johan Hallberg, stationsbefäl vid Norrmalmspollisen till Expressen.se.
Enligt polisen har en flagga bränts inne på ambassaden och orsakat vissa skador. Ambassadens dörr har också målats i den libyska rebellflaggans färger.

Fortsatt bevakning

Strax innan klockan sju på långfredagens morgon lämnade de sista demonstranterna ambassaden, men polisen har kvar patruller på plats. Polisen kommer dessutom att ha bevakning vid den libyska ambassaden.
Den 18 april protesterade exillibyer utanför ambassaden mot att rebellflaggan som tidigare satts upp på byggnaden tagits ned. Flaggan hissades den 22 februari sedan dåvarande ambassadören Abdelmaged Ali Buzrigh bytt sida.

Khadaffi-anhängare

Att flaggan tagits ned satte demonstranterna i samband med att nye ambassadchefen ska vara anhängare till Khaddafi. Den nye ambassadören Salah Umi har beskyllts av bland andra Buzrigh för att tillhöra Khaddafis ökända externa säkerhetstjänst.
EU anser sedan den 10 mars att Khaddafiregimen inte företräder Libyen. Diplomatiska kontakter ska inte finnas längre och ambassaden i Stockholm har därför ingen funktion, uppgav UD då.