Riksdagens beslut att erkänna massakerna på armenier som ett folkmord väckte vrede i Turkiet.
På lördagskvällen ringde Fredrik Reinfeldt upp landets premiärminister Tayyip Erdogan - och beklagade riksdagens beslut.
- Vi kommer att göra vårt bästa för att skydda den nuvarande relationen (mellan länderna) från ett sådant ogrundat beslut som skedde med endast en rösts marginal, sa Fredrik Reinfeldt enligt den turkiska tidningen Hurriyet Daily News.
Riksdagen beslutade i torsdags om att erkänna massakerna på bland annat armenier och assyrier i Turkiet som ett folkmord.
Beslutet skedde mot regeringens vilja och väckte starka reaktioner från Turkiskt håll.
Premiärminister Tayyip Erdogan ställde in sitt Sverigebesök i nästa vecka, och Turkiet kallade omedelbart hem sin ambassadör i Sverige.
Nu uppger Tayyip Erdogan på sin officiella hemsida att han sent i lördags hade telefonkontakt med Fredrik Reinfeldt.
Fortsatt medlemsstöd
Den svenske statsministern säger till Sveriges Radios Ekoredaktion att det var han som ringde upp den turkiske premiärministern.
Samtalet skedde med anledning av riksdagens beslut och Fredrik Reinfeldt ringde för att meddela Erdogan att den svenska regeringen är helt emot riksdagsbeslutet.
– Det (beslutet) var ett resultat av inrikespolitik och det kommer inte att sanktioneras eller utöva någon makt, sa Fredrik Reinfeldt till Erdogan enligt Hurriyet Daily News.
Reinfeldt fortsatte:
– Vi kommer inte att låta detta att påverka våra bilaterala relationer på något negativt sätt.
Fredrik Reinfeldt var tydlig med att Sverige kommer att fortsätta att stödja Turkiets strävan att bli medlem i EU.
– Vi kommer att göra vårt bästa för att skydda den nuvarande relationen mot ett sådant ogrundat beslut som skedde med endast en rösts marginal, sa Fredrik Reinfeldt.
I turkisk press tolkas samtalet som att Fredrik Reinfeldt ringde och bad om ursäkt.
"Dålig tajmning"
Expressen.se har sökt Fredrik Reinfeldt, men statsministern fanns på söndagseftermiddagen inte tillgänglig för en kommentar.
Till TT säger han:
– Jag uttryckte mig som att jag beklagar riksdagens beslut eftersom det öppnar för en politisering av historien.
Reinfeldt menar att beslutet kommer olägligt:
– Det är dålig tajmning givet att vi har en försonings- och reformprocess i Turkiet som detta riskerar att försvåra.