Mamman och hennes advokat informerades om detta av poliserna under elva timmars förhör i torsdags.
Paret McCann har konsekvent förnekat all inblandning i Madeleines försvinnande.
I och med att hon förklaras som misstänkt kan polisen ställa vissa frågor till henne som hon har juridisk rätt att avstå från att besvara.
Hon kommer att bli den andra formellt misstänkta i fallet. Den förste var Robert Murat, en britt bosatt i trakten.
Pappan Gerry väntas bli förhörd under fredagseftermiddagen.
Hustrun har förhörts tidigare av polis, men detta var första gången hennes advokat var närvarande, rapporterar BBC.
Fram till midnatt natten till fredagen förhördes hon som vittne.
Portugisiska brottsutredare bekräftade samtidigt att de har fått delresultat av tester från ett laboratorium i Storbritannien.

Förhör fortsätter

Klockan 10.30 svensk tid fortsätter förhören mot försvunna Madeleines mamma.
Under torsdagen blev mamma Kate McCann, 39, förhörd i elva timmar. Detta då portugisisk polis funnit nya bevis, som talar mot hennes tidigare redogörelse om vad som hände när världskända Madeleine försvann i Portugal 3 maj, enligt Daily Mail.
När Kate i natt lämnade förhören i London, sa hennes försvarare Carlos Pinto Abreu:
– Hon har blivit förhörd som ett vittne. Utredningen pågår fortfarande, utifrån portugisisk lag kan jag inte kommentera det hela ytterligare.

Pappan förhörs

Under fredagen kommer polisen ställa 22 specifika frågor till Kate, som de vill få svar på.
Även pappa Gerry kommer förhöras under dagen. Klockan 15 svensk tid hörs han av portugisisk polis.