Enligt justitieministern, Mohammed al-Allagui, greps Saif al-Islam nära orten Obari i sydvästra Libyen, rapporterar Reuters.
AP uppger att han togs när två medhjälpare försökte smuggla in honom i grannlandet Niger.
Det finns också uppgifter om att han hade fyra livvakter med sig.
al-Allagui säger att Saif al-Islam befinner sig "vid god hälsa".
Den libyske befälhavaren Bashir al-Tlayeb sa på en presskonferens att Saif al-Islam förts till staden Zintan med ett fraktflygplan.
Där fick Saif al-Islam ett varmt välkomnande, berättar Zintanbon och aktivisten Muhammed i telefon till TT.
– Ja, Saif al-Islam fångades i dag och fördes sedan till Zintan, säger han.
– Vad ska man säga? Folk är glada.
Vart Saif al-Islam förts är däremot en känslig fråga. Zintan har lidit mycket svårt av Khadaffistyrkornas belägringar och när Saif al-Islam landade möttes han av arga folkmassor.
Kan du berätta var Saif befinner sig just nu?
– Nej, det är för närvarande hemligt, säger Muhammed.

Oklart när han greps

Det är oklart när gripandet skedde. Tv-kanalen Al Arabiya, som citerar militären Achmad Othman, uppger att gripandet har hållits hemligt tills dess att platsen där han hålls fängslad varit fullt säkerhetsskyddad.
Saif al-Islam kommer att hållas kvar i Zintan tills Libyen får en ny regering, vilket väntas ske inom kort, uppger Free Libya TV på sin sajt.

Bandage

Bilder som uppges visa Saif al-Islam i Zintan spreds först på Twitter och Facebook, och sprids nu av de största bildbyråerna.
Bilden ska vara tagen av NTC-styrkor.
På bilden syns en person som ser ut som Saif al-Islam halvsittandes på en säng med den högra handens fingrar i bandage.
Enligt brittiska BBC försökte Saif al-Islam fly i samband med att han greps, uppger TT.

Glädjescener

CNN citerar samtidigt en militär befälhavare som säger att Khadaffi-sonen skadades lindrigt vid gripandet.
Saif al-Islam uppges säga till Reuters att hans tillstånd är "ok" och att han skadade handen i ett flygangrepp en månad sedan.
Från huvudstaden Tripoli rapporteras i glädjescener efter beskedet om gripandet.
Det har tidigare rapporterats att Saif al-Islam flytt till Niger.
Hans bror, Saadi, befinner sig i landet där han behandlas som flykting, enligt landets president Mahamadou Issoufou.

Efterlyst

Saif al-Islam är Khadaffis näst äldste son och sågs länge som en möjlig efterträdare till den förre diktatorn.
Han föddes 1972 och har enligt TT tidigare lett Khadaffistiftelsen.
Sin utbildning fick han på ansedda London School of Economics.
Saif al-Islam är efterlyst av den internationella brottsmålsdomstolen, ICC, misstänkt för brott mot mänskliga rättigheter.

"Inblandad i attackerna mot civila"

Enligt ICC:s åklagare Luis Moreno-Ocampo har domstolen flera personer som kan vittna "om hur Saif var inblandad i attackerna mot civila, inklusive anlitandet av legosoldater från andra länder", skriver TT.
ICC har fått bekräftat av den libyska övergångsregeringens justitieminister att Khadaffi-sonen gripits.
Åklagare ska snart resa till Libyen för att diskutera saken.
Samtidigt som flera länder kräver av Libyens nya regering att Saif al-Islam ska ställas inför rätta i samarbete med ICC, lovar Libyens nytillträdde premiärminister Abdulrahim al-Kib att Saif al-Islam ska få en rättvis rättegång.
- Jag vill försäkra vårt folk och alla världens nationer att Saif och de som var med honom kommer att få en rättvis rättegång med garantier både från lokal och internationell lag, sade han vid en presskonferens, rapporterar Reuters.
– Det juridiska förfarande vårt eget folk berövats.
Vid två tidigare tillfällen har det kommit rapporter om att Saif al-Islam gripits, men båda gångerna har de visat sig vara felaktiga.
Muammar Khaddafi greps och dödades den 20 oktober i år efter ett mer än åtta månader långt inbördeskrig.