Riksinternatet Grennaskolan har lämnat in felaktiga uppgifter om fyra elever.
Nu sänker Skolverket statsbidraget med nästan en halv miljon kronor.
Internatskolan kommer eventuellt att bestrida beslutet – men myndigheten menar att reglerna är tydliga.
– Vi ser allvarligt på det här, säger Tommy Lagergren på Skolverket.
Skolverket beslutade den 1 juni att tillfälligt stoppa utbetalningarna till de tre riksinternatskolorna Grennaskolan, Sigtunaskolan och Lundsbergsskolan sedan SVT:s Uppdrag granskning avslöjat att skolorna fått bidrag för utlandssvenska elever på felaktig grund. För att få statsbidrag för utlandssvenska elever krävs att samtliga vårdnadshavare är bosatta utomlands.
Redaktionen fann ett felaktigt fall vid Grennaskolan, och nu har skolan själv lämnat in uppgifter som visar att det rör sig om totalt fyra fall. Därför sänker Skolverket bidraget för 2012 med nästan en halv miljon kronor.
"Agerat i god tro"
Bengt Hjalmarson, som är ekonomiansvarig på Grennaskolan, hävdar att skolan har agerat i god tro. Han är kritisk mot Skolverket och menar att reglerna har varit otydliga beträffande vilka elever som är att betrakta som utlandssvenskar.
Han säger att skolan eventuellt kommer att bestrida Skolverkets beslut.
– Vi ska titta på det här en gång till med lite hjälp. Vi måste reda ut om det är en korrekt bedömning, säger han.
Men Skolverket hävdar att reglerna är tydliga och att ansvaret ligger på skolorna att lämna korrekta uppgifter.
– Vi har gått igenom informationen på vår hemsida sedan 2005 för att försäkra oss om att vi inte lämnat felaktig information, säger Tommy Lagergren, avdelningschef på Skolverket.
Måste komplettera
Enligt Uppdrag gransknings kartläggning var det främst Lundsbergsskolan som fått för mycket i bidrag: tre miljoner kronor under 2008–2011. Lundsberg har ännu inte redovisat sina uppgifter till Skolverket, och får respit till den 8 juli.
Sigtunaskolan har lämnat ofullständiga uppgifter och måste komplettera, uppger TT.
Ingen av skolorna kommer att få statsbidrag för utlandssvenska elever innan de har uppgivit sanningsenliga uppgifter.
Allt statsbidrag rör detta år. Men Skolverket kommer snarast att tillsätta en utredning för att se om skolorna har fått pengar baserade på felaktiga uppgifter längre tillbaka i tiden.
– Vi ser allvarligt på det här, det är därför vi gör genomlysningen för 2012. Vi kommer inom kort att tillsätta utredning som ska titta på det här bakåt. Vi vill försäkra oss om att de uppgifter som har kommit in har varit korrekta, säger Tommy Lagergren på Skolverket.