Nioåringen väntade tvillingar efter att ha blivit våldtagen av sin styvfar.
- Som kristen och katolik beklagar jag djupt att en biskop i den katolska kyrkan har en sådan konservativ attityd, sade Lula.
Enligt Lula gjorde läkarna vad de borde, rädda den lilla flickans liv.
- I det här fallet har den medicinska professionen mer rätt än kyrkan, sade Lula.
Tvillingfostren aborterades i onsdags. Biskopen gick omedelbart till angrepp mot modern som samtyckt till ingreppet och läkarna som utförde aborten.
- Guds lag står över mänsklig lag. Så när en mänsklig lag. . .står i motsats till Guds lag, saknar den mänskliga lagen värde, dundrade biskop José Cardoso Sobrinho.
Fallet har gett upphov till en häftig debatt i Brasilien, där abort i princip är förbjudet. Undantagen gäller om kvinnan blivit gravid efter våldtäkt eller om graviditeten utgör en fara för kvinnans liv.