Många av de provisoriska fängelserna drivs av lokala milisgrupper märkta av det åtta månader långa kriget och de är rasande på fångarna, som varit Khadaffi-trogna soldater och anhängare, skriver Washington Post.
Den nya regeringen som utses inom de närmaste veckorna måste hantera både milisgrupperna och ett havererat rättssystem.
Hittills har övergångsrådet (NTC) inte tagit ställning till om Khadaffi-erans lagar ska gälla när hans styrkor åtalas.
– Vad vi har gått igenom är ovanligt. Vi har inte en domstol för detta, säger Ali Sweti, en advokat som arbetar för övergångsrådet i Misrata, till tidningen.

Planerad amnesti

Sweti driver ett fängelse som speglar situationen i landet. Anläggningen, en tidigare skola, hyser 1 000 fångar. Tio gånger fler än i juni.
Övergångsrådet planerar amnesti för Khadaffi-lojala soldater som inte begått krigsförbrytelser, men det är osäkert om det kommer att accepteras på platser som Misrata, där befolkningen fått utstå synnerligen blodiga attacker från regeringstrogna styrkor.
– Några av dessa människor våldtog, några dödade. Det förekom vandalisering. De torterade oss, de dödade barn, säger Abdel Gader Abu Shaallah., som övervakar två andra provisoriska fängelser i Misrata.
– Vi är känslomässigt förstörda, säger han.
Det var milismän från Misrata som tillfångatog Khadaffi i hans hemstad Sirte.
Mona Rishmawi, människorättsföreträdare i FN, sade tidigare i månaden efter att ha besökt Libyen att upp till 7 000 fångar hålls utan åtal.