Beslutet togs efter att konsthallens styrelse meddelat kulturministeriet att det var omöjligt att samarbeta med svensken.
Konsthistorikern Bo Nilsson, som tidigare bland annat har varit chef för Liljevalchs i Stockholm, ges dessutom en del av skulden för Charlottenborgs ekonomiska kris.
Enligt Politiken kommer konsthallens underskott bli 3,2 miljoner danska kronor år 2008.
- Jag ser det som väldigt otillfredsställande, att en så allvarlig situation har uppstått for Charlottenborg, säger kulturminister Carina Christensen till tidningen.
KvP.se har försökt nå Bo Nilsson för en kommentar, utan resultat.
Det pressmeddelande som tidigare under dagen utlovades hade på onsdagskvällen heller inte skickats ut.